总承包企业与专业分包企业(分包方)通过签订专业分包合同确定双方的合作关系，施工过程中通过验工计价进行结算和支付，在营业税下专业分包企业一般均能提供建筑业统一发票。在“营改增”后，专业分包企业也能提供税率为11%的建筑业增值税专用发票，总承包企业可据此抵扣进项税。但是，基于专业分包内容及结算特点，“营改增”后对施工总承包企业仍存在影响。
影响。一是分包结算滞后导致进项税抵扣不及时。总包方和分包方之间存在验工计价滞后或工程款拖欠等情况，导致分包方不能及时验工计价并拿到已完工程计价款，造成总包方不能及时取得分包方开具的增值税专用发票，从而不能及时抵扣进项税，总包方要垫付本该抵扣的增值税，造成前期资金压力较大。
二是分包成本中材料、设备部分的进项税抵扣不足。专业分包中包含大量的材料、设备，相关进项税由分包方抵扣，分包方一般可抵扣17%的进项税，而总包方取得其开具的建筑业增值税专用发票只能按11%的税率抵扣进项税，与直接采购相比，少抵扣6%的进项税。
对策。一是加强分包结算管理，按合同约定及时办理验工计价手续，并取得分包方开具的增值税专用发票。一方面，总包方在与专业分包方签订的专业分包合同中，坚持先开票后付款的原则，明确分包方提供发票的类型、适用税率及提供时间等，并约定分包方必须在验工计价确认后一定时间内开具增值税专用发票，总包方在取得发票后，再向其拨付验工计价款。另一方面，总包方要严格按合同约定及时对分包方现场已完工程进行验收、计价，杜绝验工计价滞后及价款拖欠现象，避免分包方因总包方原因造成发票开具不及时。
二是加强分包合同价格管理，考虑物资设备的可抵扣进项税，合理确定分包合同价格。专业分包中的材料、设备所占比重较大，且分包方在“营改增”后基本上是增值税一般纳税人。对分包方而言，如果能取得税率为17%的分包工程的材料和设备增值税专用发票，则其进项税抵扣率就为17%，高于销项税的适用税率11%，与营业税相比，分包方的材料和设备成本将有较大幅度降低。因此，总包方在专业分包时，应充分考虑分包合同中材料、设备的进项税抵扣因素，提前测算分包方由于进销项税率差而多抵扣的进项税，从而确定合理的分包价格区间，在与分包方进行合同价格谈判时，合理的降低分包单价，适当弥补由于进项税抵扣率降低带来的损失。或者对分包工程中的主要材料、设备采取总包方供应的方式，由总包方直接采购并取得17%的增值税专用发票，抵扣较高的进项税。
“营改增”对劳务分包的影响及对策
总承包企业或专业承包企业与劳务分包企业(分包方)通过签订劳务分包合同明确双方合作关系，劳务分包内容一般为工程施工的劳务作业，主要包含人工费、二三项料费及小型机具使用费等。双方通过定期验工计价进行结算和支付。在营业税下，分包方有的能提供建筑业统一发票，有的只能提供服务业统一发票。基于劳务分包内容及结算特点，“营改增”后对总承包企业存在影响。
影响。一是分包结算滞后导致进项税抵扣不及时。这点和专业分包一样，存在总包方和分包方之间验工计价滞后或劳务费拖欠等情况，导致分包方因总包方不及时验工计价，而不能及时开具增值税专用发票，从而造成总包方不能及时抵扣进项税，前期资金压力较大。
二是因分包方资质和能力问题不能开具增值税专用发票。对于目前只能提供服务业统一发票的劳务分包方，在“营改增”后仍然只能按服务业开具发票，不能向总包方开具增值税专用发票，造成总包方将无法抵扣进项税。
对策。一是加强分包结算管理，按合同约定及时办理验工计价手续，并取得分包方开具的增值税专用发票。这点与专业分包一样，总包方既要在劳务分包合同中，明确先开票后付款及增值税专用发票开具时间，还要严格按合同约定及时对分包方办理验工计价手续，避免因自身原因造成分包方发票开具不及时。
二是对不能提供增值税专用发票的劳务分包方，采取纯劳务分包模式。分包内容仅仅为人工费，总包方自行采购分包工程所需的包含二三项料、小型机具在内的材料和设备等，并取得增值税专用发票，增加总包方的进项税抵扣。
三是对于能提供增值税专用发票的劳务分包方，总包方应提前综合考虑劳务分包内容。总包方应充分考虑将部分预计不能取得增值税专用发票的材料费、设备租赁费等纳入劳务分包范围，由分包方统一开具增值税专用发票，从而抵扣进项税。
“营改增”对其他形式劳务分包的影响及对策
除了具有劳务分包资质的劳务分包外，现场还大量存在劳务派遣、内部作业层队伍、挂靠队伍等形式的劳务分包。这些劳务分包形式，在“营改增”后对施工总承包企业存在影响。
影响。一是对劳务派遣形式的影响。劳务派遣是总承包企业与具有劳务派遣资质的劳务企业签订劳务派遣协议，由劳务公司派遣劳务人员到总承包企业项目部进行劳务作业。这种形式下，劳务派遣企业不具备建筑施工资质，在“营改增”后，劳务派遣企业不能开具建筑业增值税专用发票，总承包企业因不能取得增值税发票而无法对这部分劳务分包成本抵扣进项税，在一定程度上增加了总承包企业的增值税税负。
二是对综合作业队、专业作业队形式的内部作业队伍的影响。目前，总承包企业为了培养自己的作业层队伍及规避劳务用工风险，成立了综合作业队、专业作业队等内部作业队，在项目部承担急、难、险、重施工任务。内部作业层队伍形式的劳务分包，由项目部与队伍签订内部经济承包协议，以工资单形式结算和支付。因队伍自身未取得国家工商行政注册，且无相关的资质证照，因此，就不能开具增值税专用发票，总包方也就不能抵扣进项税。
三是对挂靠队伍的影响。所谓挂靠队伍，是指作业队伍挂靠于某个身份合法且具有劳务分包资质的施工企业，并以该企业名义在总承包企业承担劳务分包任务。总承包企业与被挂靠企业签订劳务分包合同，并取得被挂靠企业开具的发票，但分包价款由总承包企业直接支付给挂靠队伍，收款方与合同主体、发票开具主体不一致。这种形式下，造成业务流、资金流、发票流“三流不合一”，给总承包企业带来了法律风险和后期的审计风险。
对策。一是加强劳务分包方准入和选用管理。总承包企业要建立并规范劳务分包方准入制度，根据分包方的资质、规模及其组织形式确定其纳税人身份，并建立“合格分包方名录”。根据项目施工生产需要，通过招(议)标方式选择分包方，优先选用“合格分包方名录”中能够开具增值税专用发票的分包方。
二是通过劳务分包模式规范劳务派遣和内部劳务分包管理。总承包企业可以参股成立施工劳务企业，或者与外部成熟的施工劳务企业建立合作关系，将劳务派遣转换成由施工劳务企业承担的劳务分包。对于内部劳务分包，可由施工劳务企业向综合作业队、专业作业队等内部作业层队伍提供劳务资源和班组，并与总包方签订劳务分包合同，总包方在分包合同中充分考虑将部分预计不能取得增值税专用发票的材料费、设备租赁费等纳入劳务分包范围，由施工劳务企业向总包方开具增值税专用发票，从而抵扣进项税。
三是规范挂靠队伍承担施工任务。对于名为身份合法劳务分包队伍，实为挂靠分包队伍的，总包方应按照税法、财务等方面管理规定，规范合同、发票、资金及核算管理，与被挂靠方签订分包合同，办理验工计价手续，将计价款打至被挂靠方的银行账户，由被挂靠方向总包方开具建筑业增值税专用发票，以满足增值税下业务流、资金流、发票流“三流合一”的要求，从而取得合法有效的增值税发票，实现进项税抵扣。同时，总包方也可规避劳务分包法律风险和后期的审计风险。